Svrha istraživanja Humani citomegalovirus široko je rasprostranjen patogen, a posebno je opasan za trudnice, novorođenčad i imunosuprimirane pacijente. Nažalost, efikasnog cjepivo nema, a postoji potreba i za efikasnijim i manje toksičnim antiviralnim lijekovima. Glavne prepreke razvoju novih antiviralnih ljekova i cjepiva jesu: (1) specifičnost za vrstu i (2) praznine u našem znanju i razumjevanju virusnih gena, interakcijama virusnih gena i domaćina te kako te interakcije izazivaju bolest. Prva prepreka uspješno se nadvladava korištenjem animalnih virusa, posebice mišjeg citomegalovirusa (MCMV). S ciljem nadvladavanja druge prepreke u ovom je radu provedena detaljna analiza transkriptoma mišjeg citomegalovirusa (MCMV) te analiza transkriptoma stanica domaćina tijekom litičke infekcije citomegalovirusom. Materijali i metode Transkriptom MCMV analiziran je na dva načina: klasičnom analizom cDNK knjižnice i sekvencioniranjem dobivenih klonova te analizom transkriptoma uz pomoć sekvencioniranja nove generacije (odnosno RNK-sekvencioniranjem, eng. RNASeq) koja omogućava paralelno praćenje i transkriptoma domaćina uz transkriptom virusa. Analiza transkriptoma domaćina rezultira vrlo dugačkim listama diferencijalno reguliranih gena iz kojih je teško izvući neko biološko značenje. Stoga su liste diferencijalno reguliranih gena domaćina podvrgnute analizi termina genske ontologije (eng. gene ontology analysis odnosno GO analiza) i analizom dereguliranih bioloških puteva. Transkripcijski kompleksne regije genoma MCMV dodatno su analizirane Northern hibridizacijom i metodom RT-PCR dok je korelacija između količine transkripata i proteina odabranih gena analizirana metodom Western blot. Na kraju, funkcija novog, prekrojenog transkripta MAT (most abundant transcript; najzastupljeniji transkript) analizirana je uz pomoć reporterskih stanica koje nose aktivacijske Ly49 receptore. Rezultati Ovaj rad predstavlja prvu detaljnu analizu transkriptoma MCMV-a korištenjem komplementarnih metoda analize cDNK knjižnice i RNASeq analizom, a rezultirala je identifikacijom brojnih novih transkripata MCMV, uključujući i nove prekrojene transkripte kao i transkripte koji se prepisuju sa intergenskih regija. Ustanovljeno je da najjače izraženi virusni transkripti imaju nepoznatu funkciju i često su pogrešno anotirani. Najjače izražen transkript (tzv. MAT transkript) prvi je virusni transkript koji ima i kodirajuću i nekodirajuću funkciju. Naime, nedavno je pokazano da se na njegovom 3' netranslatiranom kraju (3' UTR, od eng. 3' untranslated region) nalazi vezno mjesto za staničnu mikro-RNK [18, 84], dok je u ovom radu pokazano da on također kodira i barem još dva proteina. Uz ove dvije navedene funkcije, u ovom je radu otkriveno da je 5' netranslatirani kraj (5'UTR) MAT transkripta bitan virusni faktor kojeg na inificranim stanicama prepoznaju stanice prirodne ubojice pomoću aktivacijskih receptora Ly49. Analiza transkriptoma stanica domaćina pokazala je da litička infekcija virusom MCMV izaziva izrazite promjene u ekspresijskom profilu gena domaćina: ekspresija gotovo trećine gena miša promijenila se uslijed infekcije virusom MCMV. Geni čija se ekspresija pojačava tijekom infekcije uglavnom su geni uključeni u upalne i imunološke procese, međutim neki pripadaju i skupini transkripcijskih faktora te genima povezanim s razvojem i diferencijacijom. Ovi rezultati u skladu su s dosadašnjim saznanjima o CMV-u kao virusu koji izaziva upalu te uzrokuje razvojne poremećaje tijekom kongenitalnih infekcija. Brojni geni čija se ekspresija smanjila tijekom infekcije povezani su sa funkcijama čija je uloga u infekciji za sada nepoznata poput dugačkih intergenskih nekodirajućih RNK, antisense RNK ili malih nukleolarnih RNK. GO analiza rezultirala je detekcijom disreguliranih bioloških puteva koji još do sada nisu bili povezani sa citomegalovirusnom infekcijom, a koji imaju potencijal rasvjetljavanja nekih nepoznanica u patogenezi citomegalovirusne infekcije. Zaključci Jedno od najznačajnijih otkrića u ovome radu jest dokaz izuzetne kompleksnosti transkriptoma MCMV-a koji dosad nije bio ovako sustavno istraživan niti su postojale transkriptomske mape. Ova analiza transkriptoma MCMV-a predstavlja važan prvi korak ka razvoju boljih genomskih mapa i reanotaciji genoma MCMV-a. Analiza odgovora stanica domaćina na infekciju dala je novi pogled na molekularne interakcije između virusa i domaćina i otvorila brojna nova područja istraživanja koja imaju potencijal da p pronađu nove mogućnosti liječenja bolesti izazvanih CMV-om. Ključne riječi mišji citomegalovirus, MCMV, transkriptom, ekspresija gena, izbjegavanje imunološkog