Title DIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH
MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U
HITNOJ MEDICINI Title (english) DESIGN, VALIDATION AND IMPLEMENTATION OF
FAST MOLECULAR DIAGNOSTIC TESTS IN
EMERGENCY MEDICINE Author Martina Pavletić Peršić Mentor Vanda Juranić Lisnić (mentor)Mentor Alan Šustić (komentor)Committee member Stipan Jonjić (predsjednik povjerenstva)Committee member Višnja Nesek Adam (član povjerenstva)Committee member Đurđica Cekinović Grbeša (član povjerenstva)Granter University of Rijeka Defense date and country 2022, Croatia Scientific / art field, BIOMEDICINE AND HEALTHCARE Universal decimal classificationUDC ) 61 - Medical sciences Abstract Cilj istraživanja: glavni cilj istraživanja je uspostaviti brzu molekularnu dijagnostiku na
mjestu skrbi za pacijenta, tzv. POCT (od eng. „point-of-care tests“) molekularnu dijagnostiku
u odjelu hitne medicine (OHBP od Objedinjeni hitni bolnički prijam) Kliničkog bolničkog
centra Rijeka.
Ispitanici i metode: u prvi i drugi dio istraživanja u kojemu smo usporedili direktni qPCR
(dqPCR) sa standardnim qPCR (stndqPCR), optimizirali i validirali dqPCR u POCT, uključili
smo 126 ispitanika podijeljenih u 4 grupe: pacijenti, zaposlenici KBC-a Rijeka, pacijenti
hospitalizirani u COVID-19 respiracijskom centru i pacijenti s potvrđenom COVID-19
infekcijom dva ili više tjedana prije testiranja. Treći dio istraživanja u kojem smo tijekom 4
mjeseca analizirali implementiranu POCT – PCR metodu proveli smo na preko 10.000
pacijenata i zaposlenika KBC-a Rijeka čiji su se uzorci slali u naš Laboratorij na dijagnostičku
molekularnu analizu. Za istraživanje izabrali smo Seegene-ov Allplex SARS-CoV-2 paket
kemikalija koji dolazi u kompletu s računalnim programom „SARS-CoV-2 Viewer“ za
automatiziranu interpretaciju rezultata, a rezultate smo analizirali primjenom Seegene i strožih
naših kriterija.
Rezultati: analizirajući i uspoređujući osjetljivost i specifičnost dqPCR i POCT varijante
dqPCR sa stndqPCR-a broj pozitivnih, negativnih ili neodređenih rezultata bilo je u snažnom
slaganju s rezultatima dobivenih stndqPCR-om. Nadalje, korelacija sa stndqPCR-a bila je još
izraženija kada su za stratifikaciju dobivenih rezultata korišteni naši kriteriji te smo na temelju
učinjenih analiza i dobivenih rezultata zaključili da je POC-dqPCR, modificirani postupak
dqPCR-a u kojem medicinsko osoblje bez prethodnog iskustva u molekularnoj dijagnostici
može pouzdano koristiti prethodno pripremljenu reakcijsku smjesu za detekciju SARS-CoV-2
u odjelima hitne medicine i/ili sličnim odjelima koji neposredno skrbe za oboljele. Dodatno
smo validirali metodu korištenjem standardiziranih uzoraka Svjetske zdravstvene organizacije
te na zbirnim uzorcima djelatnika OHBP-a KBC Rijeka.
Zaključak: Seegene-ov Allplex SARS-CoV-2 test smo prilagodili u direktni qPCR test sličan
POCT-u koji može učinkovito i pouzdano provoditi medicinsko osoblje u Laboratoriju za brzu
molekularnu dijagnostiku u hitnoj medicini, OHBP-a KBC Rijeka.
Abstract (english) Objectives: main objective of this research is to establish fast, point – of – care molecular
diagnostics, at the Emergency department of the Clinical hospital center Rijeka.
Patients and methods: in the first and second part of research we compared direct qPCR with
standard qPCR, optimized and validated dqPCR in the POC setting. We included 126 subjects
in 4 groups: patients from ED, hospital employees, patients hospitalized in COVID-19
respiratory center and patients in whom COVID -19 infection has been confirmed two or more
weeks before testing. For the third par we included more than 10.000 patients and employee
samples which were analyzed in out Laboratory for the diagnostic molecular analysis. Seegene
Allplex SARS-CoV-2 reagents were used coupled with SEEGENE SARS-CoV-2 Viewer
software for the automated data interpretation. For data interpretation we applied both Seegene
and our – more stringent criteria.
Results: comparing sensitivity and specificity of dqPCR and POCT dqPCR with stndqPCR we
obtained strong correlation of results in terms of positive, negative, and undetermined results.
Furthermore, correlation was even more pronounced applying our criteria. Based on the results
obtained we conclude that POC-dqPCR, modified dqPCR in which medical staff without
previous molecular diagnostics can reliably use SARS-COV-2 detection reagents prepared in
advance in emergency departments and/or other departments which provide direct patient care.
We, additionally, validated the method using standardized World health organization samples
and pooled samples from the Clinical hospital center Rijeka Emergency department staff.
Conclusion: We adapted a Seegene Allplex SARS-CoV-2 test into a direct, point-of-care like,
test which can be efficiently and reliably used in Laboratory for fast molecular diagnostics in
emergency medicine of the Clinical hospital Center Rijeka.
Keywords
brza dijagnostika
COVID-19
hitna medicina
menadžment pandemije
pointof-care dijagnostika
RT-qPCR
SARS-CoV-2
virus
Keywords (english)
COVID-19
emergency medicine
pandemic management
point-of-care tests
RTqPCR
rapid diagnostic assays
SARS-CoV-2
virus
Language croatian URN:NBN urn:nbn:hr:184:962854 Promotion 2022 Study programme Title: Biomedicine Postgraduate (doctoral) study programme Type of resource Text File origin Born digital Access conditions Access restricted to students and staff of home institution Terms of use Repository Repository of the University of Rijeka, Faculty of Medicine Created on 2022-10-24 11:09:23
